世界は騒乱の真っ只中にあった。「王都レグヌム」と「西の国ガラム」との間では戦争が勃発し、戦争により大地は荒れ果て、戦争孤児や食料不足などが深刻化していた。

そんな中、世界に「異能者」と呼ばれる超人的な力を持つ者が現れ始めた。その力は強大すぎるため忌むべきものとし、王都レグヌムでは「異能者捕縛適応法」と呼ばれる法案が施行された。この法律により、レグヌムを中心に異能者狩りが始まった。

この事態に「アルカ教団」という組織が立ち上がる。アルカ教団は、異能者らを保護する団体を名乗り、世界各地で信者を獲得していった。
異能者の存在により、さらに混乱する世界。そして商家の一人息子、「ルカ・ミルダ」は自らの中の異能の力を呼び覚ましてしまう。

かつて世界には神が暮らしていた。神は「天術」と呼ばれる奇跡の力を行使することができた。神の中には力を悪用し、世界を乱す者がいた。そのため世界を天上と地上に分かち、罪を犯した神から天術の力を奪い、地上へ閉じ込めた。

地上へと落とされ、力を奪われた神は人間となった。人間は天上へと贖罪と祈りをささげ、天上は免罪の意として天術の力を人間達へと還した。これが二つの世界の均衡となり保たれていた。

しかし、いつしか人間達は自分達が神であることを忘れ、天上への祈りが失われていった。これは後に「無恵」と呼ばれ、地上と天上との均衡が崩れ、世界が狂い始める原因となった。

天上では、天上界を維持するため人間の祈りの代わりに、人間の魂そのものを無理矢理刈り取るという方法が考えられた。これを強行したのが「ラティオ」と呼ばれる国である。「死神」と呼ばれる神らが地上へと赴き、人間達の魂を次々と刈り取っていった。これにより天上は何とか維持できる状態まで持ちこたえていた。

しかし、「センサス」の国がこのやり方に反対を唱えた。彼らは、天上と地上が分かれていることが原因と考え、二つの世界を一つに戻すことが正しき道だと主張した。二つの国は違う主張を唱え、そして戦争になった。

長きに渡る戦争の末、センサスの名将「アスラ」はラティオを打ち破り、天上界の統一を果たした。彼の願いである「天地融合」。この願いはついに叶えられようとしていた。

概要
テイルズオブシリーズのマザーシップタイトル9作目。略称は「イノセンス」、もしくはタイトルの頭文字をとって「TOI」。テイルズ独特の固有ジャンル名は「想いを繋ぐRPG」。

テイルズオブシリーズでは初のCEROレーティング審査B（12歳以上対象）の作品となる。本作以降、シリーズ作品はレーティング審査Bが多くなっている。また、マザーシップタイトルにおいて、主人公役の声優を女性が担当したのも本作が初となる。同様に携帯ゲーム機で発売された、初の新作マザーシップタイトルでもある。

ゲームシステムやプレイ時間、ボイスの少なさなどから厳しい評価が多かった『テイルズオブザテンペスト』の反省として、今作では1Gbit（＝128MB）のROMを採用しボリュームを増加、ボイスやムービーなども従来のシリーズ同様多く収録している。

予約特典は「ボイスアドベンチャーDVD」。DVDにはボイスアドベンチャー「レアバード★アドベンチャー 〜テイルズユニバース危機一髪!〜」と高解像度フルアニメーションOPムービー、ボイスアドベンチャー出演声優インタビュー、『テイルズオブシンフォニア ラタトスクの騎士』のプロモーションムービーを収録。

また、DVDにはトレーディングカードゲーム「テイルズオブマイシャッフル」の限定カードが封入されている。